6月份，珠江流域的西江发生了百年一遇的大洪水。西江支流桂江上游桂林水文站6月份连续出现4次洪峰，最高水位达147.70米，为历史实测最高值。受上游干支流来水和区间降雨的共同影响，西江干流梧州最大流量52900立方米每秒，水位26.51米，为本世纪第二位大洪水。
6月中下旬，福建闽江支流建溪、富屯溪流域出现持续性暴雨，致使闽江干流发生大洪水。闽江干流水口电站最大入库流量37000立方米每秒，洪水经水库调蓄后，干流竹岐水文站最高水位16.95米，最大流量33800立方米每秒，为本世纪最大洪水，洪水重现期约为100年。